Худяков работал как исторический живописец, портретист и жанрист. Его картина «Стычка с финляндскими контрабандистами» – одно из двух первых произведений русских авторов, купленных П.М. Третьяковым для своей коллекции. Как и многие художники своего времени, Худяков работал в области религиозной живописи. Он участвовал в таких грандиозных проектах, как росписи Исаакиевского собора, так и менее заметных – украшения сельских церквей. Известно, что Худяков работал для князя М.В. Кочубея, имение которого находилось в Саратовской губернии.
Композиция «Проект плафона» Худякова поступила в дар от основателя Радищевского музея А.П. Боголюбова.